Seit vielen Jahren arbeiten die Mittelschule Bad Windsheim und die Schule im Aischgrund zusammen. Besonders deutlich wird die Zusammenarbeit in den Kooperationsklassen. Eine Kooperationsklasse besuchen Schülerinnen und Schüler mit und ohne sonderpädagogischen Förderbedarf. Dabei wird die Klassenlehrkraft der Mittelschule intensiv durch eine Sonderpädagogin oder einen Sonderpädagogen unterstützt. Ziel ist es, den Lernenden des Förderzentrums einen Übergang, der sich positiv auf die Laufbahn der Lernenden auswirkt, in die Mittelschule zu ermöglichen.
Aktuell gibt es an unserer Schule eine Kooperationsklasse mit der SiA (Schule im Aischgrund). Den Schülerinnen und Schülern wird dabei der Übergang vom Förderzentrum in die Regelklasse erleichtert. Durch enge Kooperation mit der Lehrkraft des Mobilen Sonderpädagogischen Dienstes (MSD), Frau Petra Reinhardt, bekommt die Klasse 5a wöchentlich 6 Förderstunden zur individuellen Unterstützung in allen Hauptfächern.